在改革开放后，马洪作为高岗的“五虎上将”之一，经历了一系列重要事件。1982年，他被任命为国务院副秘书长，1987年在中央财经小组会议上，他对当时经济过热现象提出“紧缩”的建议，但这一提议与邓小平和总理追求经济繁荣的立场相悖，引发激烈争论。当时，国家经济过热的原因主要是由于国民收入的超分配以及过度投资造成的通货膨胀。尽管马洪深感忧虑，并向赵紫阳提交了报告，但他的意见并未受到充分重视。
1993年，马洪被任命为国务院发展研究中心名誉主任，同年他参与编写了《什么是社会主义的市场经济》，并得到江泽民的支持。在一个座谈会上，尽管其他与会者纷纷表达了对新观点的支持，马洪却重申自己的奋斗宗旨——为工农和广大劳动人民的利益而努力，这番言论被后来的报道删除，显示了他对初心的坚守。
马洪的女儿和外孙在看到斯诺访问延安的文献后，向他表达了对祖辈革命精神的了解，但马洪因健康问题只能艰难发声：“只有社会主义才能救中国！”在他与病重的季崇威见面时，两位老同志怀念往昔，共同关心社会的贫富不均以及党内的腐败现象。2007年，马洪在北京逝世，享年87岁。
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